当使用新的清洁衬底（晶圆）时，在~ 200 °C 下加热几分钟（2-3 分钟，热板）使得晶圆表面干燥。然后应快速处理衬底。否则应置于干燥器中临时储存以防止再次吸水。有机污染的或预先使用过的晶圆需要先进行清洁步骤，在简单清洗步骤为先在丙酮中进行，然后进行异丙醇或乙醇处理然后干燥，该程序可提高光刻胶的粘附性。不能只使用丙酮清洗，因为丙酮在蒸发过程中产生的冷却效果会导致晶片上的空气水汽再次沉积在样品表面。如果特定技术需要在不同环境条件下重复处理晶圆，建议进行彻底清洁。清洁程序强烈依赖于基材（包括已应用的结构）和工艺。在随后的冲洗和干燥步骤（见第一部分）中使用去胶剂或酸（例如食人鱼）可能是必要的步骤。必要的时候需要配合使用超声清洗。

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